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Tu décoche linux OU windows avant la compilation, c’est le plus simple.
En effet, en décochant en effet la case Linux, tout les fichiers nécessaires aux fonctionnements sous Linux ( Executables et dépendances ) sont supprimés.
Perso je te conseille d’oublier les installateurs, t’en fait 10comme ça et ton Windows se transforme en trottinette (niveau vitesse…à cause du registre, y a longtemps que les développeurs de linux on compris ça 
)
Les zip c’est ce qu’il y a de mieux.
Tu balance ça ou tu veux, tu l’ouvre et tu joue 
Ca dépend, je préfère autant les installateurs pour les programmes que j’utilise régulièrement.
Le système qu’utilise GD par exemple ( Inno Setup ) me semble bien foutu ( Rapide, léger ), même si ça n’empeche pas en effet de proposer une version zippée, car tout le monde n’a en effet pas envie d’installer un programme juste pour le tester, ou pour choix.