Voila, crée un nouveau projet, crée un objet dessin primitif, mettez lui une opacité de 100 par exemple.
Ensuite sauvez votre projet, quittez gd, relancez le, ouvrez votre projet, l’opacité est redevenue a 255 
Et d’ailleurs en version compilée elle reste a 255 même si elle était en 100 avant
En fait, l’opacité du contour est enregistrée à la place de l’opacité de remplissage. J’ai corrigé ça.